有用なものは使いやすい状態にしておいてほしいですね。
(有用さをどのように評価するのか微妙ですが・・・）

下手をすると単なるプログラマ泣かせということに？？

Vista以降でもやっぱりショートカットが一般的なようです。
エクスプローラでショートカットは作れてもシンボリックリンクは作れませんし。

>上位のフォルダへのシンボリックリンクを下位のフォルダ中に持つと、
>単純に書くと永久ループになるのかなぁ・・・？など。
試してませんがそうなると思います。

ハードリンクは、よく利用するdllや巨大なデータを複数のフォルダ内で管理したい、みたいな場面で使えると思います。使ったことはありませんが。

ジャンクションはRamdiskに使用していました。（詳細は省略）
あとは、システムでないドライブにインストールしたアプリケーションを、あたかもシステムドライブにあるように振舞わせたりできます。

>あと素朴な疑問ですが、ハードリンク、シンボリックリンクはコマンドラインから作るしかないのですか？？
GUIアプリケーションも探せばあると思いますが、自分は知りません。
エクスプローラで作れてもいいと思うんですけどね。

存在こそしっていたものの、ショートカット以外使ったことがありません。
Vista以降ではショートカットよりもシンボリックリンクの方が一般的なのでしょうか？？

フォルダ階層を走査するようなプログラムを書くときは、
いろいろ考慮するべきポイントが多そうですね。
上位のフォルダへのシンボリックリンクを下位のフォルダ中に持つと、
単純に書くと永久ループになるのかなぁ・・・？など。

sikiosさん(でいいのかな？？)が各リンクをどういうケースで使い分けているかを解説してくれたらありがたいです。

あと素朴な疑問ですが、ハードリンク、シンボリックリンクはコマンドラインから作るしかないのですか？？
（簡単に調べられそうな質問で申し訳ないですが・・）