1.ダウンロード＆インストール
http://www.graphviz.org/から。
「C:\Program Files (x86)\doxygen」にインストールしたみた。

2.Doxygenの設定
doxywizardを使う場合はExpertタブ内でDotに関する項目を変更するだけです。
最低限「HAVE_DOT」にチェックを入れ、「DOT_PATH」にdot.exeの存在するディレクトリを指定すれば動作します。

3.備考
Doxygen単体での使用と違いgraphvizは画像を生成するので多少時間がかかります。
GRAPHICAL_HIERARCHYのチェックが入っていなければ2回目以降は早くなると思います。

1.ダウンロード
http://www.doxygen.jp/からダウンロード。
(doxygen-1.6.1-setup.exe)

2.インストール
適当なディレクトリにインストール。自分の場合は「C:\Program Files (x86)\doxygen」。

3.設定ファイルの作成
doxywizard.exeを実行。メニュー「File」→「Save as」でデフォルトの設定ファイルを作成する。ファイル名はデフォルトのDoxyfile。

4.基本設定
Expertタブより。基本的な項目のみ記載。
DOXYFILE_ENCODING : UTF-8
PROJECT_NAME : プロジェクト名　※今回はソリューション名
OUTPUT_DIRECTORY : ドキュメントを作成するフォルダ
OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA : チェック　※C#はJAVAと同じ扱いらしい
INPUT : 解析するディレクトリ　※今回はソリューションディレクトリ
INPUT_ENCODING : UTF-8　※実際のソースのエンコード
FILE_PATTERNS : 「*.cs」を追加
RECURSIVE : チェック
他は試行錯誤で。だいたい感覚で分かると思います。

5.GUIフロントエンドから実行してみる
Runタブより、「Run doxygen」をクリックするだけ。
「Show HTML output」でそれっぽいページが表示されればとりあえず成功。

6.Visual Studioから実行してみる
メニューの「ツール」→「外部ツール」→「追加」
タイトル : Doxygen(&Y)
コマンド : 2.でインストールした先にあるdoxygen.exe
引数 : Doxyfile
初期ディレクトリ : $(SolutionDir)
「出力ウィンドウを使用」にチェック
以上でメニューから実行できるようになります。

7.ビルド時に実行されるようにする
任意のプロジェクトの「プロパティ」→「ビルドイベント」→「ビルド後に実行するコマンドライン」に以下のように記述する。
cd /d “$(SolutionDir)
“C:\Program Files (x86)\doxygen\bin\doxygen.exe” Doxyfile
「ビルドが成功したとき」にしておけばソリューションのビルド時に一度だけDoxygenが実行される。
今回はソリューション全体を対象としているので、1つのプロジェクトのビルドイベントに記述すれば良い。